U dzieci chorych na cukrzycę w ponad 90% przypadków występują markery HLA klasy II: HLA-DR3, HLA-DR4 albo DR3/DR4. Największe ryzyko zachorowania dotyczy heterozygot DR3/DR4, natomiast odporność na zachorowanie związana jest z HLA-DR2. Antygeny DR3 i DR4 występują u 50% osób zdrowych, nie należą więc do rzadko spotykanych.
Stwierdzono istnienie związku między budową łańcucha beta DQ i podatnością na występowanie cukrzycy typu 1. U chorych brak jest kwasu asparaginowego w pozycji 57 łańcucha beta. Obecność kwasu asparaginowego w tej pozycji ma chronić przed zachorowaniem, co stwierdzono w populacji USA.